檢測方法是通過空氣浮游菌采樣器收集懸浮在空氣中的活微生物粒子于培養基平皿，在適宜的條件下讓其繁殖到可見的菌落進行計數，以平板培養皿中的菌落數來判定潔凈環境內的活微生物數，并以此來評定潔凈室（區）的潔凈度。
    空氣塵菌采樣器是一種的多孔吸入式塵菌采樣器。它根據等速采樣理論設計，采樣直接，采集頭口風速與潔凈室內風速基本一致，能更準確的反映潔凈室內的微生物濃度。采樣時，帶塵菌空氣高速通過微孔，被均勻撞擊在培養皿內的瓊脂表面；這些活體微生物在瓊脂表面獲得營養均勻和充分，在培養過程中，快速發生動態再水化過程，高速生長，從而更快得出結果。
    卸下保護蓋和采樣頭，取出培養符合規定的平皿，用75%酒精對雙手、采樣頭和平皿外面進行消毒，裝好采樣頭，按“采樣”鍵進入采樣狀態，使儀器中的殘余酒精蒸發，時間不少于1min。采樣工作狀態中按“停止”鍵將終止采樣工作，關閉采樣泵、停止采樣量的累計，再按一次“停止”鍵將清除當前顯示，進入采樣準備狀態。 
    卸下采樣頭，將培養皿放臵于培養皿座上，并將培養皿調整為基本水平，裝好采樣頭。按“采樣”鍵進入采樣狀態，根據延遲時間來啟動采樣泵和計數器，此時采樣量逐步累加直到與設定的采樣量相等時，自動停止計數、關閉采樣泵、將當采樣量和日期時間保存在內部存儲器中。采樣結束，卸下采樣頭，取下培養皿，蓋上平皿蓋，寫明測定日期，按照附錄1－4規定的號碼進行編號。