ATP熒光檢測儀采用化學反應檢測ATP，用ATP拭子采集標本。ATP拭子被緩沖液浸濕，有助于從干燥或濕潤的表面提取生物物質（ATP）。拭子也含有一種可以沖破生物膜的試劑，使其下可能存在的生物體暴露出來。微生物數量與微生物體內所含ATP有明確的相關性，通過檢測ATP含量，便可以間接得出反應中微生物的數量。 以下是ATP熒光檢測儀的使用步驟：
    1、開機預熱，30秒即進入工作狀態；
    2、將一體化試劑采樣棉簽棒從超凈管中拔出準備采樣；
    3、對被測物進行采樣；
    4、采樣完后放進超凈管中旋緊密封；
    5、按壓一體化試劑棒頂部使密封腔內試劑自動流入超凈管中與棉簽棒上標本發生ATP反應；
    6、按壓儀器頂部橙黃色按鈕使試劑艙蓋自動彈開；
    7、將正在發生反應的一體化試劑插入儀器試劑艙接受檢測；
    8、經過十幾秒檢測時間儀器完成標本檢測，自動顯示、存儲、傳輸ATP檢測結果。